مفهوم «مرجعیت علمی» نخستین بار در سال ۱۳۸۴ توسط مقام معظم رهبری(مدظله العالی) عنوان گردید و طي چند سال اخیر این مفهوم در موقعیت‌های مختلف مورد تاکید ایشان بوده است. در سال‌های اخیر این مفهوم در اسناد بالادستی کشور ازجمله سند چشم‌انداز جمهوری اسلامی ایران در افق 1402، سیاست‌های کلّی علم و فناوری، نقشه جامع علمی کشور، سند تحول دولت سیزدهم و … مورد توجه قرار گرفته است. علیرغم تلاش‌های انجام‌شده برای تبیین علمی و دقیق ابعاد مختلف مرجعیت علمی و همچنین ایجاد گفتمان علمی در سطح دانشگاه‌ها و مراکز تحقیقاتی کشور، کماکان این مفهوم نیاز به پژوهش و تلاش‌های عالمانه بیشتر در سطح کشور دارد. به همین منظور، پس از برگزاری همایش ملّی مرجعیت علمی در سال 1402 توسط معاونت پژوهشی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری و با محوریت مرکز تحقیقات سیاست علمی کشور، که به درخواست و مشارکت دفتر حفظ و نشر آثار حضرت آیت‌الله‌العظمی خامنه‌ای انجام پذیرفت، ضرورت ایجاد اندیشکده‌ای برای پیگیری موضوعات همایش و فعالیت‌های مختلف تبیینی، ترویجی و پژوهشی در کشور احساس گردید. از ابتدای سال 1403، اندیشکده مرجعیت علمی با سازوکاری هدفمند، با ماموریت پیگیری گفتمان مقام معظم رهبری(مدظله العالی) و با هدف کمک به تحقق مرجعیت علمی کشور در سطح بین‌الملل با رویکرد ایجاد شبکه‌ای از اندیشگاه‌ها، نهادهای علمی و محققان کشور راه‌اندازی گردید.